Mit dem Jahre 1933 änderten sich durch die Machtergreifung der Nazis die politischen Verhältnisse in Deutschland nachhaltig. Vorerst bedrängten sie den Betrieb, aber noch nicht unmittelbar. Die Belegschaft wuchs nach den Jahren der scheinbaren Überwindung der Wirtschaftskrise auf eine Rekordzahl von etwa 100 - 120 Personen in der Zeit um 1936-1938, ehe es dann 1939 mit Beginn des Zweiten Weltkrieges zu einem jähen, vorläufigen Ende der Orgelherstellung kam. Ein Großteil der Orgelbauer wurde zum Militärdienst gezogen. Nur einige ältere und die ganz jungen Leute blieben und führten zum Teil angefangene Neubauten zu Ende oder reparierten hier und dort im Lande stehende Instrumente. Eine der letzten Orgeln ist das Opus 1631 für die Begräbniskirche in Bunzlau aus dem Jahre 1940.

1945 ging durch die Nachkriegseinwirkungen das Firmenarchiv fast vollständig verloren. Nur ein wieder aufgefundenes Spieltischbuch gibt Auskunft über die Jahre 1924 - 1934 und die Reste eines Opusbuches von 1934 bis zum Opus 1619 aus dem Jahre 1939. Danach fehlen jegliche Hinweise. Nur Einzelfunde von Orgeln nach diesem Opus konnten bisher gemacht werden. Zu ihnen gehört auch Opus 1672 aus dem Jahre 1943, eine Hausorgel mit zwei Manualen und 17 Registern für Prof. Förstmann in Magdeburg. Unter welchen Umständen es zur Fertigstellung des Instrumentes kam, ist unbekannt. Mit der Verkündung des "totalen Krieges" am 18. Februar 1943 durch Goebbels hörte dann jeglicher Orgelbau auf. Die letzten Leute im Betrieb mußten Munitionskisten bauen, zuletzt hielten einige ätere Kollegen noch Brandwache, ehe Frankfurt im April 1945 besetzt wurde.

In den Maitagen 1945 wurde in Frankfurt geplündert. Diesem Raubzug fielen auch die Einrichtungen des Betriebes zum Opfer. Als im Juni Frau Spallek und ihr Sohn Gerhard nach Frankfurt zurückkehrten, fanden sie den Betrieb offen und verwahrlost vor. Anton Spallek kehrte als einer der ersten der alten Belegschaft im Juli 1945 zurück. Einige Zeit später beschlagnahmte die Rote Armee den Betrieb und wandelte ihn in eine Entlausungseinrichtung um. Anton Spallek ergriff als erster die Initiative zur Weiterührung des Sauerschen Orgelbaues. Er versuchte, einiges vom herumliegenden Material und Kleinwerkzeuge - die Maschinen waren längst ausgeräumt worden - zu sichern. Auf seinen Antrag hin erteilte ihm die inzwischen eingesetzte Stadtverwaltung am 10. September 1945 die amtliche Genehmigung der Ausführung sämtlicher Arbeiten als Orgelbauer. Am 20. September 1945 übertrug ihm Dr. Oscar Walcker die kommissarische Leitung des Betriebes, die er bis 1966 inne hatte. Ende 1945 bestand die Belegschaft aus insgesamt sechs Mitarbeitern, von denen vier auch der alten Belegschaft angehört hatten: Anton Spallek, Walter Noack, Joachim Klauß und Gerhard Gäbler. Hinzugekommen waren Frau Spallek als Bürokraft sowie Gerhard Spallek als Lehrling.

Die erste Arbeit nach dem Krieg war die Reparatur der Orgel in der katholischen Kirche in Frankfurt (Oder). Für den Neuanfang stand kein Geld zur Verfügung; jede Mark mußte hart erarbeitet werden. Trozdem stand zum Jahresende ein Reingewinn von 653,56 Mark zu Buche. Dieses Ergebnis machte Mut.

Der Bestand der Firma Sauer an Kapital, Material und Werkzeugen vor Kriegsbeginn ist nicht in jeder Position bekannt. Bekannt ist aber, daß der Betrieb vor dem Krieg zu den führenden Werkstätten im deutschen Orgelbau gehörte. Sie besaß führende Mitarbeiter mit Umsicht und Fachkenntnis und stand eng an der Seite der Orgelreformer. (Sie baute bereits vor 1939 wieder Schleifladenorgeln.) Über 100 Beschäftigte im Stammbetrieb und in den Außenstellen in Berlin, Breslau, Hamburg, Köln, Weimar und in Dünnow (Pommern) waren tätig.

Im Februar 1946 verließen die Besatzer den Betrieb, und es standen wieder die Betriebsräume zur Verfügung. Berge von Schutt und Unrat mußten beseitigt werden. Es fand sich nur noch wenig brauchbares ; das meiste war verdorben oder auf andere Art verlorengegangen. Wenn auch aus gebrauchten Teilen gebaut, verließ noch in diesem Jahr die erste Nachkriegsorgel den Betrieb (Opus 1673, St. Canisius-Kirche, Berlin-Charlottenburg, 9 Register). Weitere Aufträge folgten. 1949 bestand der Mitarbeiterkreis aus 18 Personen.

Im Juni 1947 standen wieder einige Maschinen zur Verfügung. Am 4. September 1948 starb Dr. Oscar Walcker und am 24. November 1956 Karl Ruther.

Um 1950 gingen die ersten staatlichen Aufträge ein. Es wurden u. a. Orgeln für das Nationaltheater Weimar, für die Staatsoper Berlin und für das Rundfunkkomitee in Berlin erbaut.

Am 8. November 1957 ruhte für einen Tag die Arbeit. Die Frankfurter Orgelbauer feierten zusammen mit dem heutigen Inhaber Dr. Werner Walcker-Mayer, Gästen und Freunden des Betriebes das Gründungsjubiläum.

1972 wurde die Firma zum Volkseigenen Betrieb (VEB) "Sauer" verstaatlicht. Es blieb aber bei der eigenständigen fachlichen Verantwortung für die technische und künstlerische Gestaltung der Sauer-Orgeln. Größere Orgeln mit drei Manualen und zwischen 50 und 60 Registern standen beinahe jährlich im Fertigungsprogramm, außerdem viele zweimanualige sowie Kleinorgeln und Positive. Sie gingen an Kunden der ehemaligen UdSSR und CSSR, nach Polen und die Bundesrepublik, auch nach Ghana wurde ein Positiv geliefert.

Im April 1989 wurde einem Kollektiv des Betriebes, wie es in der DDR hieß, der Ehrenpreis der Musikindustrie erster Klasse in einem festlichen Akt in Plauen verliehen: eine Anerkennung letztlich für alle Orgelbauer der Firma Sauer für ihre geleistete Arbeit in den zurückliegenden Jahren.